En general se le encuentra en un rango de altitudes entre los 0 y 1100 metros sobre el nivel del mar.
Sus perchas están en los árboles y manglares por lo general de pequeñas islas. Suelen tener una alta fidelidad a sus perchas, que normalmente se encuentran en las cuestas empinadas y en bordes de acantilados en zonas de difícil acceso.
Es una especie dependiente de los bosques, y esto es una gran amenaza para esta y otras muchas especies, teniendo en cuenta que el 90 % de los bosques originales de Filipinas han sido modificados o destruidos, y que quedan aproximadamente entre el 10 y 15 % de bosques secundarios. Además está el agravante de que muchos de estos bosques se encuentran por encima de los 1000 metros sobre el nivel del mar, donde empieza a ser raro encontrar a estos murciélagos. En las zonas por debajo de esta altitud la cantidad de bosques adecuados que quedan es aún menor.
Por otro lado hay que tener en cuenta que estos murciélagos podrían ser muy sensibles a las perturbaciones, ya que donde se han visto zorros voladores de cuello rojo y zorros voladores filipinos, mientras que los primeros se quedan en la periferia de los bosques, los segundos se quedan en el interior, lejos del borde.
También hay colonias que están en zonas con minas de cobre y oro. Los que se encuentran el Polillo están en tierras de propiedad privada y también están amenazadas por la perturbación humana. En Boracay, sus poblaciones están en zonas en pleno desarrollo por el turismo.
Por lo tanto esta especie está amenazada por la grave pérdida de hábitat así como por la caza en toda su área de distribución (incluyendo las zonas dentro de las áreas protegidas).
Muchas poblaciones se han visto obligadas a desplazarse debido a la caza, por ejemplo, por parte de leñadores que los capturan para alimentarse.
En Boracay, Subic (Luzón) y Mambukal (Negros) están protegidos por la caza por parte del gobierno local. En el resto de su área no ocurre así, y si están protegidos la legislación apenas se aplica. Se les suele cazar durante el tiempo en que salen para alimentarse. En Mindanao, donde no existe tanta presión de caza, sin embargo casi todos los murciélagos son de otras especies.
No solo se cazan para consumo propio, si no que se ponen a la venta en tiendas de la zona con precios que oscilan dependiendo de la demanda.
Otro problema es que por lo general, como las colonias están compuestas por varias especies, los cazadores ni siquiera saben la especie que están matando. Utilizan métodos como hileras de anzuelos y armas para cazarlos.
Antes se exportaban miles de murciélagos frugívoros para el comercio internacional anualmente, pero no se sabe hasta qué punto había muchos o pocos ejemplares de A. jubatus. En cualquier caso, gracias a CITES, a una mejor aplicación de la legislación y al aumento de esfuerzos realizados por la aduana en Guam y Filipinas han hecho que su exportación haya cesado.
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