La inaccesibilidad de su hábitat protegió a esta especie hasta la década de los 50. Sin embargo, los proyectos de colonización y la construcción de carreteras (como la carretera central que cruza a través de los bosques de la región) empezaron el proceso de declive de la especie.
Algunas de las amenazas más destacadas son las siguientes:
Estos monos se caracterizan por no tener ningún miedo a las personas, saliendo a su encuentro con chillidos ensordecedores y arrojando frutos de los árboles, mientras los machos de la manada agitan furiosamente las ramas y enseñan sus genitales a los intrusos en señal de territorialidad. Esta valentía sin embargo tiene su lado malo, ya que los delata ante los cazadores.
Y es que estos monos cuentan con un área reducida de menos de 7.000 kilómetros cuadrados en los bosques nubosos de los Andes tropicales, bosques que son invadidos por los agricultores y taladores ilegales que muchas veces acaban convirtiéndose en ocasionales cazadores de estos animales. (En 1981 se estima que su hábitat potencial era de al menos 11.240 km ²)
A las amenazas se le añaden otras características de la especie como su baja densidad poblacional, su lenta tasa de reproducción y su pequeña área geográfica.
Uno de los problemas de conservación de esta especie es que es un tipo de mono muy delicado, y es muy difícil que viva en cautiverio.
Los bosques donde viven son los de mayor tasa de deforestación en Perú debido a la agricultura rotativa, al tráfico ilegal de madera, y a la amenaza de las compañías mineras y petroleras, según Cornejo. La carencia de tierras agrícolas libres ha motivado la migración de pobladores del departamento de Cajamarca hacia Amazonas y San Martín en busca de los terrenos de los bosques tropicales, los que destruyen para poder dedicar las tierras a la agricultura, una actividad que no les resulta finalmente muy productiva.
Sam Shanee, fundadora de Neotropical Primate Conservation dice además que el mono choro de cola amarilla es cazado por los campesinos y nativos selváticos, ya sea por su carne, para fines de curanderismo y brujería, o para tenerlos como mascotas, lo que nunca funciona.
Aunque su caza está prohibida por la ley peruana, las autoridades ambientales no dan abasto para frenar la actividad.
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